妇联机关设办公室、组织部、 宣传部、发展联络部、权益部（家庭与儿童工作部）5 个内设机构，三明市妇女儿童工作委员会办公室为三明市妇女儿童工作委员会日常办事机构，设在市妇联机关。内设机构主要职责如下：
1.办公室的主要职责为：负责市妇联的内外协调、政务服务、事务管理工作；协调综合性调研互动；承担综合性文稿、重要文件及领导重要讲话稿的起草工作；承办文电处理、秘书事务、信息、档案、机要、保密、统计等工作；负责机关财务、资产、审计、安全保卫及基础建设等管理工作；指导监督直属单位财务管理工作；承担机关信息网络的建设与管理工作；负责妇联各类简讯、信息报送工作。负责市妇联机关综治、依法办事、精神文明创建和效能建设等工作。
2.组织部的主要职责为：负责市妇联机关党的建设和党风廉政建设工作；负责机关和下属单位的干部人事、机构编制、职称、 工资、出国审批等管理工作；承担协助管理县级妇联领导班子和领导干部的有关工作；配合有关部门做好培养选拔妇女干部工作；负责妇联系统组织建设；负责制定、实施妇联系统干部教育培训规划，指导基层干部教育培训工作。负责机关离退休干部管理服务工作。负责《三明市妇女代表大会代表和妇联执委常委履职规则》、《三明市妇女联合会执行委员会、常务委员会议事规则》和《三明市妇联团体会员管理办法》的实施。推动机关工、青、妇等群众组织各项工作顺利开展。
3.宣传部的主要职责为：宣传党的路线方针政策和社会主义核心价值观，宣传马克思主义妇女观和男女平等基本国策，宣传妇女和妇联工作；开展妇女思想状况调研，加强妇女宣传思想工作，培育选树先进典型，组织“三八红旗集体”和“三八红旗手” 等女性先进典型的评选表彰宣传工作，加强典型引领；负责做好“三明妇女网”、“三明女性之声”微信公众号等妇联系统网络和新媒体宣传管理工作，加强网上舆论引导，监测、研判和回应妇女儿童舆情。配合有关部门开展群众性精神文明创建活动。负责开展巾帼志愿服务活动。
4.权益部（家庭和儿童工作部）的主要职责为：代表市妇联参与有关维护妇女儿童权益政策和地方性法规、规章草案的拟订和完善；指导、推动全市各级妇联依法维护妇女儿童权益工作；负责妇女法制宣传教育，参与社会管理综合治理和维护社会稳定工作，应对有关妇女儿童权益问题的社会舆情；负责处理来信来电来访和各种渠道妇女投诉，参与对重大典型案件专项调查，为受害妇女儿童提供法律援助和社会服务。组织开展全市寻找“最美家庭”、创建“五好家庭”、推荐“文明家庭”等家庭文明建设工作；指导推进家庭教育工作，协调推动全社会为儿童健康成长创造良好条件。指导妇联系统自办园所的业务工作。负责组织制定妇女儿童发展规划纲要，协调各级各有关部门做好妇女儿童发展规划纲要的监测评估工作；协调督促市直有关部门和县（市、 区）有关部门落实妇女儿童发展规划纲要提出的各项目标；负责组织开展与工作有关的调研、培训和宣传工作；承担三明市妇女儿童工作委员会办公室的日常工作。
5.发展联络部的主要职责为：动员和组织妇女参与经济建设和社会发展，开发妇女人力资源；组织开展“巾帼建功”活动，负责巾帼文明岗的创评和巾帼建功标兵的评选工作；组织妇女开展创业创新巾帼行动，促进妇女创业就业；组织动员妇女参与扶贫和国家生态文明试验区建设；承担机关对口援助帮扶工作。负责妇联与各民主党派、工商联和各民族宗教妇女组织、女性代表的联系工作；负责与香港、澳门特别行政区和台湾地区妇女组织、女性代表人士及海外女侨胞的联谊工作；负责市妇联机关及直属单位的外事工作，与各国妇女儿童组织、知名妇女及国际妇女儿童组织开展友好交流与合作。指导市女企业家联谊会开展工作。